Melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara.

1. Penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;
2. Pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
3. Pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
4. Pelaksanaan respons terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
5. Pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;
6. Pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;
7. Pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;
8. Pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;
9. Pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;
10. Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan
11. Pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan.